Схемы, платы, компоненты

Давайте. 

1. R1 берем под ток < 0.1мА.

DC Current per I/O Pin ............................................... 40.0 mA

Стр.242 даташита atmega8.

2. Стабилитрон в цепи питания. Один на все 8 каналов.

И внешняя помеха спокойно проходит в цепи питания всей схемы. У вас стабилизатор питания вообще имеется? Выкиньте его, раз там стабилитрон будет.

3. С небольшим внешним конденсатором согласен. Добавлю.

Одного конденсатора мало. См. http://caxapa.ru/lib/emc_immunity.html

4. В даташите "про АЦП" явно указан резистор 100К. Прозвонить не удастся. Тут уж либо верю, либо не верю.

Какой такой резистор 100кОм? Вы имеете в виду сопротивление мультиплексора? Дык он после, а не до диодов в кристалле стоит. Между внешним выводом и диодами нет никаких резисторов.

5. R3, в таком контексте, кто? И так ли уж он нужен?

Если вам пофиг на возможные искажения аналогового сигнала, то можете его в моей схеме исключить. Вы бы огласили, от чего именно защищаться собрались? Если только от перенапряжения на входе при замыкании питания токовой петли (+18В...+36В), тогда наверно да, одного резистора последовательно со входом АЦП будет достаточно. Правда в вашей схеме сам токоизмерительный шунт не защищен от такого замыкания.