Если Ваш софт под Win основан на использовании WinAPI без
прибамбасов, то проблем нет по умолчанию. WinE это загрузчик, а не
эмулятор. Правда, есть баги в реализации WinAPI в самом WinE. Так,
мне пришлось делать в нативном Linux мост-конвертер TCP на UDP, так
как в WinE не реализовано исправление: //Исправление Windows-BUG https://www.betaarchive.com/wiki/index.php
DWORD dwBytesReturned = 0;
BOOL bNewBehavior = FALSE;
DWORD status;
// disable new behavior using
// IOCTL: SIO_UDP_CONNRESET
status = WSAIoctl(hListeningSocket, SIO_UDP_CONNRESET,&bNewBehavior,sizeof(bNewBehavior),NULL,0,&dwBytesReturned,NULL,NULL);
А так - всё нормально.
Тут хорошо об этом:
https://habr.com/ru/companies/dcmiran/articles/693842/