Теоретически эти настройки можно изменить программно, т.е. можно
работать при любом подключении светодиодов. Правда упоминание в
стартовом сообщение "иногда запускается но светодиоды работают
инверсно" намекает что к светодиодам не добавлены параллельные
резисторы, или они слишком высокоомные, и что в программе не
проводится настройка режима работы PHY, а используется то, что
задается подключением светодиодов.