а в чем вопрос? 3.5 это какой-то клон. PICkit2 был на медленном
PIC18F2550(с USB) и с открытыми исходниками, PICkit3 на более
быстром PIC24 и с другим взаимодействием с ПК. т.е протокольно не
совместимы. Упомянутый софт это по сути downgrade PICkit3 до
функций PICkit2 (в т.ч. по (не)поддержке новых PIC-ов), нужно PK3
перепрошить для работы с PICkit programming tool и при этом
пропадет возможность дебага в MPLAB (т.е. этот софт - тупиковая
ветвь и микрочип закрыл её чуть успев
вляпаться). Если уж хочется только программировать, то берите ПО PICkit minus - больше список поддерживаемых МК, в т.ч. новых, и микросхем памяти.