Отставить. Таймера нет. Ок, прерывание EXTI обнуляет счётчик.
Прерывание системного таймера счётчик увеличивает. Если счётчик
превысил 300 - алярм. Если есть свободный таймер, то можно вообще аппаратно сделать.
Таймер в режиме capture по любому изменению ножки, настроить что по
событию capture таймер молча перезапускается, а по событию
переполнения происходит прерывание. Получается такой ватчдог: пока
меандр идёт - таймер тихо сидит в углу, если меандр застрял -
происходит прерывание.