Может, есть какая особенность при работе с делителем шины?
Пробовали выключть Ethernet на время переключения частоты и
включать его обратно после? Как вариант, я бы на вашем месте, попробовал бы делитель шины не трогать и частоту менять делителем ФАПЧ, переключаясь на время перенастройки, на другой источник тактовой.
Переключите источник тактовой на кварц напрямую. Потом перенастройте делитель PLL и переключитесь на неё обратно по захвату частоты. Обработайте с флеш. Переключитесь на кварц напрямую. Обратно перенастройте PLL. По готовности, переключитесь.
Так будет работать?