Сталкивался с подобным, обслуживая оборудование VoIP. При
проскальзываниях на стыках с G.703 E1, щелчки хорошо слышно лишь
если у самого сигнала был большой уровень или сильный фоновый шум.
Просто потери пакетов или опустошение буфера, обычные железки VoIP
обрабатывают мягко. Так что громкие щелчки (если это именно
щелчки), значит, возникают не в кодеках со сжатием - иначе были бы
не только щелчки, но и писки, а на несжатом сигнале или на сигнале
с простым сжатием, типа дифференциальной ИКМ (DPCM, ADPCM).
Терпеть не могу устранять не причину, а следствие... Если помеха локализована буквально в нескольких отсчётах, делайте фильтр на скорость изменения. Но как подлечить сигнал после обнаружения аномалии - зависит от того, это ступенька или дельта-импульс.