У меня подобное было при подключенном st-link. После hard reset все
работало нормально. Но это у меня было только с 40-рублевыми STM32F103C6T6 (подозреваю, что ни хрена это не STM32, однако, st-link не ругался, код запускался). Там еще один косяк был: отключение дефолта с PA15 не срабатывало сразу, нужно было несколько микросекунд прождать после включения AFIO. Причину этого косяка я вообще не понял: возможно, там тактирование как-то не так работает… У меня и лежит несколько исходников на гитхабе, где активация подтяжки USB (которая как раз на PA15) происходит в инициализации CAN…