Вы не поняли. Если у вас анализ на интервале 1024 точки, то в
данных у вас других частот нет. И да, на этом интервале, коль скоро в вам удалось устранить краевые эффекты, у вас других частот нет.
Просуммировав ровно частоты бинов с их амплитудами и фазами, и никакие другие, вы получите в точности ваш сигнал. И как ни старайтесь, других частот в данных не найдёте.
Но как, возразите вы, а если я фактически подам частоту 12.3(3)Гц, она же не исчезнет и попадет в один или несколько бинов? Тогда вы должны будете признать, что краевые эффекты у вас таки есть.
И к ним применяется, если я правильно понял, прямоугольное окно. Гляньте, какая частотная характеристика у него. И поймёте, в какие блины и посколько она попадёт с вашим окном.