Земли соединять, конечно. У меня всё слаботочное соединено через
минус (ноль) питания. У компа заземление корпуса и минус питания
USB жёстко соединены. То же самое стоит сделать и на стороне
отлаживаемого устройства. Если у последнего нет заземления, то если
нет противопоказаний, соединить общий провод питания устройства с
корпусом компьютера. Так можно будет свободно подключать/отключать отладку не боясь вывести из строя отладчик и отлаживаемые МК.
У меня в шкафах, в поле, минуса тоже на земле специальным проводом жёстко соединены. И я спокойно, на горячую, подключаю отладчик от ноутбука, БП которого с заземлением и включён в ту же землю, что и шкаф. Ещё ни одного МК не сожгли.