В первом случае, нет защиты от перенапряжения по входу. Вход,
небось, 5-вольтовый? По второму случаю - утечка может быть из-за
того, что другой такой вход (как в первои случае) пробило на
подложку (или там в какой-то важный слой) и пошла инжекция тока на
всё что рядом. И входу reset не повезло. Нужно ставить стабилитрон и резистор с плюса на базу транзистора. А уже открытый коллектор транзистора заводить с внешней подтяжкой к 3.3В на вход МК. Я бы рискнул и с внутренней подтяжкой. Но не могу рекомендовать.