Я понял так, что ты не измеряешь реальный ток на шунте с помощью
АЦП, а только сравниваешь компаратором с каким-то порогом? Нужно хотя-бы быть уверенным, что после импульса ток спадает до 0 перед выдачей следующего импульса. Тогда еще можно померить индуктивность. Но без схемы с номиналами трудно что-то обсуждать.