Главное, замкнуть помеху внутри корпуса кратчайшим путём. А уже с
выпрямителя или прямо с трансформатора - не важно. У вас все концы
трансформатора - с импульсами, с крутыми фронтами как относительно
входа, так и относительно выхода. Поэтому прицепить блокирующую помехи ёмкость к трансформатору не получится.