Также смотрел на пульсации по выходу (желтый луч). Может быть это
стоит как-то слегка подфильтровывать в делителе TL431 ? 
Замечено также , что в определенном диапазоне входного напряжения - шум в начале такта усиливается, а при выходе из этого диапазона - несколько уменьшается.