Нужны директории и уйма файлов? Зачастую, если МК пишет во флешь, то там тупо "один файл". Так зачем вообще ФС? Элементарно пишем последовательно в блоки, а для считывания dd… Единственное неудобство - негде записать размер текущей записи (пардон за тавтологию). Ведь писать в одно и то же место флеша - это быстро ее убить. Зато на алике полно всяких старых флешек, скажем, на 16МБ. dd ее быстро сольет, а потом спокойно себе с ней можно работать...