Как вариант: сделать промежуточный брокер. Траффик USB
преобразуется в пакеты Ethernet с маркировкой из серийного номера
устройства. Далее можно даже виртуальный COM не использовать, а
расшифровывать пакеты Ethernet. В системе ЛЭРС-Учет есть подобная программа ТБН-Брокер.