А зачем переустанавливать что-то в виртуальной машине при смене
материнки? Виртуалбокс на то и хорош, что можно с собой на жестком диске таскать образы и на любом компе запускать. Я вот, когда с модулями ядра работал, держал в виртуалке отдельную генту, чтобы кернел паник только внутри ВМ был, а не в компе...
Насчет сравнения тоже странно: есть rsync и множество других утилит. А просто показать, какие файлы отличаются, умеет mc. В линуксе подавляющая часть работы делается в командной строке, не нужно ею пренебрегать. А вот гуевые всякие утилиты как раз стоит нафиг посылать, если есть отличный консольный аналог (то же разбиение диска, форматирование, mc вместо гуевого двухпанельника, всякие sed/grep/awk вместо уродования в либреофисе и прочее).
Что до документации, советую забыть эти убогие "офисы" как страшный сон и пользоваться таки латехом!