Просто гальваническая развязка, без организации заземления линии через разрядники, не поможет. Просто потенциал на линии относительно прибора будет расти пока не пробьёт изоляцию развязки. Поэтому выигрышная стратегия - не пытаться изолировать, а пытаться обвести ток разряда вокруг защищаемого узла.
И помните, другие провода, пусть никуда не подключённые или изолированные на другом конце, если они подключены к вашему устройству, тоже считайте опасными и, так или иначе, заземляйте у вашего устройства. Иначе они, за счёт своей электрической ёмкости, сыграют роль антенны и либо поймают наводку от разряда молнии, либо послужат стоком (на короткое время, но достаточно, чтобы повредить полупроводники) для импульса напряжения на приборе, который был наведёт через другие проводники.
Особый случай - устройство, располагающееся на изоляторе и не имеющее заземления, но имеющее подключённые к нему провода. В таком случае, следует установить защиту (разрядники) так, чтобы ток перетекал с провода на провод мимо защищаемого устройства при любой комбинации поданных на провода напряжений. Ну и считать, что оборудование "заземлено" когда к нему подходит проводок 1.5мм^2 длиной в десяток метров, для тока молнии - несколько наивно. Почти любые установки, если они не на сплошных металлоконструкциях, следует рассматривать как этот "особый случай" - в том числе и заземление, которое является лишь один из нескольких путей для тока молнии.
Поэтому считайте, что разность потенциалов может возникнуть везде и импульс может придти и со стороны заземления. Главное, чтобы импульс ушёл мимо вашего защищаемого устройства в другие проводники, подключённые к нему (к устройству).