Нашел лайфхак: настраиваем в selection mask только VIA,
выделяем VIA рамкой на плате,
далее пкм - HighLight,
далее пкм - Unhighlight NET - и тут надо подождать! занимает секунды, возможно потому что у меня 504 VIA на плате =)
далее щелкаем по свободному полю чтобы снять рамку выделения
потом верхнее меню пикад - Edit - Select Highlighted.
Что происходит: вначале подсвечиваются абсолютно все VIA, затем вы говорите перестать подсвечивать ЦЕПИ (любые) и подсветка с VIA с цепями снимается. И далее выделяете на плате то что подсвечено (но уже не имеет цепи) - все неподключенные VIA выделятся.