Похоже, локализовал проблему. Может кто-нибудь поделиться драйверами с поддержкой Pickit3 (VID_04D8&PID_900A) от версии MPLAB 6.20 или, наоборот, 5.50 ?
Примерно здесь они лежат:
C:\Program Files\Microchip\MPLABX\v6.20\Switcher\64Bit\winusb\amd64
Нет больше сил снова ставить и сносить :-)