В вертикальном столбе размер вакуумного пузыря будет меньше, т.к.
кроме самого пузыря энергия еще уходит в потенциальную энергию
воды. Возможно тут дело в том, что всё не идеально, есть выбег у
насоса, есть инерция клапана, есть упругость труб. В итоге, при
простой вертикальной трубе кинетическая энергия быстро переходит в
потенциальную, доли секунды, за это время ни мотор не остановится,
ни клапан не закроется. А если есть большой горизонтальный участок,
то вакуумный пузырь, вмещающий кинетическую энергию горизонтального участка, может оказаться очень большим, пока он создастся всё успеет остановиться, закрыться и т.п.