Подозреваю, что WinCE - это просто оболочка, сама программа
крутится специализированной исполняемой среде типа CoDeSys RTS.
Тогда надо просто "достать" файл программы и загрузить в
исполняемую среду. В 2000-е примерно так все не слишком дорогие
системы были устроены. Калибровочные значения хранились на FRAM.
Вот пример, https://www.reallab.ru/images/editor/catalog/plc/NLcon-CE-485-C.pdf