- JTAG, как отметили, позволяет bit-bang'ить выводами и прошить ПЗУ. Неторопливо.
- Залить в FPGA через JTAG ПО для прошивки памяти (Flash loader, см. AN370) и прошить быстро.
an370_SerialFlashLoader_for_EPCS.pdf