Нужный Вам режим называется JTAG Indirect (или jic). В Quartus он
поддерживается. После того, как Вы скомпилировали проект в получили sof-файл, в квартусе открываете Convert Programming File (он в меню File), там в строке "Programming file type" выбираете "JTAG Indirect Configuration File (jic)", выбираете конфигурационную ПЗУ'шку, указываете Вам sof-файл, жмякаете Generate - и вуаля - получаете jic-файл.
В квартусовском программере открываете этот jic-файл, выбираете операции, которые хотите выполнить - и вперед!
При этом сперва в ПЛИС будет загружен образ Serial Flash Loader, и под его управлением по JTAG'у , будет приниматься содержимое конфигурационной памяти и записываться в ПЗУ'шку.
И еще - если мне склероз не изменяет - для того, чтобы после прошивки ПЗУ проект сразу грузился в ПЛИС и начинал работать, нужно в настройках квартусовского программера взвести галку "Halt on-chip configuration controller" .