Нет в жизни счастья. Ладно, видать, придется все же эталонный time-keeper делать на ATmegaXXP. Пусть он хранит локальное эталонное время и будит "большой процессор". Теперь главное проверить, чтобы host процессор умел от сигнала на пине просыпаться :)