Для того, чтобы узнать о факте, что кто-то прислал сообщение
абоненту, клиентская часть мессенджера обращается к серверу даже в
том случае, если она потом использует пиринговый канал с связи
другим абонентом. А у многих мессенджеров и связь с абонентами тоже
идет через сервер. В свое время именно так поступил Мелкософт со
Скайпом (после его покупки), перенаправив трафик на свои сервера.
Так что, косвенную информацию о том, кто с кем и когда общался,
владельцы мессенджеров имеют в любом случае, пусть даже непосредственно само общение защищено всевозможными 1024-битными ключами шифрования.