Только вмешиваясь во встроенную флеш. Особенно если вы используете блокировку чтения, тогда для снятия блокировки будет стёрта вся флеш (ну или не вся, смотрите датащщщит). После старта смотрим заданное вами ключевое поле флешки - если есть признак (тупо байт или слово с определенным значением, не FFF---F, значит старт не первый, если поля нет и всё стёрто там будет FFF---F - тогда записываем этот признак во флеши и делаем то что надо при первом старте после прошивки.
Нужно научиться писать так как это не так просто - флеш стирается секторами, а не отдельные байты, то есть вместе с вашим условным признаком будут стёрты другие данные в этом секторе. Посмотрите примеры, почитайте app notы всякие.