Я бы GPIO завёл на разъём прошивальщика - если после старта,
прошивка видит подключённый программатор, то инициализирует.
Отключаешь программатор - можно перезапускать без инициализации. А
так - да, писать/стирать метку в программной флеш - даже если стоит
защита от чтения извне, обычно, изнутри МК можно прочитать хотя бы
выделенные маской сектора.