Средства и методы разработки

А флаги надо обнулять, если нет желания каждый ненужный отдельно коверкать.

Вот, например.

struct termios2 newtty;
    if(ioctl(comfd, TCGETS2, &newtty)){ // Get settings
        WARN(_("Can't get old TTY settings"));
        return -1;
    }
    newtty.c_lflag     = 0; // ~(ICANON | ECHO | ECHOE | ISIG)
    newtty.c_iflag     = 0; // don't do any changes in input stream
    newtty.c_oflag     = 0; // don't do any changes in output stream
    newtty.c_cflag     = BOTHER | flags | CREAD | CLOCAL; // other speed, user format, RW, ignore line ctrl
    newtty.c_ispeed    = speed;
    newtty.c_ospeed    = speed;
    newtty.c_cc[VMIN]  = 0;  // non-canonical mode
    newtty.c_cc[VTIME] = 1;
    if(ioctl(comfd, TCSETS2, &newtty)){
        WARN(_("Can't apply new TTY settings"));
        close(comfd);
        return -1;
    }