С точки зрения ремонтнопригодности и расширяемости - отдельная
EEPROM лучше. C точки зрения экономии разница: 8 точек пайки и одна
позиция установки. Я бы начал с плат с внешним EEPROM. Если эксперименты с внутренней флеш будут успешны просто бы больше микросхему EEPROM не ставим (разводку не меняя).
Прошивка может быть и единой - при старте определяется есть ли внешняя EEPROM(и какая именно), если её нет работаем с внутренней памятью, если есть - с внешней.