Выяснила, как прошивали AT32UC3 с помощью AVRDRAGON: http://electronix.ru/forum/index.php?s=&showtopic=54009&view=findpost&p=534487
Пишет altlogic (см. ссылку)
Проблему решил с третьего захода.
Первый - был очень сложным и я понимал, что должен быть путь легче. Я выдрал исходники из доксиген документации на USB DFU... Остановился...
Второй заход. Нашёл в AVR32 Studio визард, который предложил создать проект USB DFU. Создал, "построил" проект, а прошить всё равно не смог.
Третий шаг был последним. Взял файлы прошивки AVR32Studio20-BachISP-V10 вместе с батниками. Причина того, что дракон не шил по батникам была банальна - он не успевал обработать команды. Я добавил паузы после выполнения каждой команды прошивки, и как только дракон моргал светодиодами о том, что он готов переваривать следующую команду давал ему её.
Таким образом при помощи AVR DRAGON я прошил AVR32UC3A0512!