Дело в том, что я беру в качестве исходного hex-файл, созданный KEIL, потом выбираю то, что мне надо (рабочую часть моей программы, исключая мой загрузчик) и пишу выбранное в кодовую область сама с помощью своего загрузчика (разными интерфейсами: UART, CAN или через внешнюю память). А в исходнлм файле не было CRC. Поэтому и были проблемы.