Вы невнимательны. 40nA при подключении к источнику питания
резистора 100Meg, когда оставляю только МК, а резистор убираю, -
падает до 1-3nA банальный закон Ома нам говорит что 100Мег как раз создаст ток в цепи, при напряжении питания 4,2В, порядка 40нА, что косвенно подтверждает показания встроенного измерителя источника, который показывает 1-3nA для МК (есличо, источник - специализированный, для подобных замеров - SMU Yokogawa GS820)