Что за кабель? Как перевиты проводники? На каждую пару входов
энкодера - своя пара проводников? Может, в новой партии устройств,
пары в кабеле попутали, "разножилку" сделали, вот сигналы и
пересекаются? Осциллографом бы посмотреть с хорошей полосой. У дифф.приёмников нормируется задержка, но не нормируется частота переключений. Может, попались более быстрые и им хватает иголки-наводки от вашего тестового генератора импульсов?
По-хорошему, в схеме не хватает подавления синфазной и дифференциальной ВЧ-помех. Какая максимальная частота импульсов должна поддерживаться? Возьмите среднее логарифмическое между ней и 1/(2*35нс)=14.3МГц. И на эту частоту поставьте три конденсатора - один 2C между + и - входа, и по 1С с каждой линии на землю. Так, чтобы частота среза такого RC-фильтра вышла средней логарифмической. Получите оптимальное подавление ВЧ-помех с гарантией прохождения полезного сигнала.