Кнопки Build, Rebuild и Debug на вкладке плагина, скорее всего,
железно привязаны к папке /build, на /build/Debug их неизвестно где
настраивать. Соответственно, плагин AT32 берет elf файл только из
/build. А моя изначальная проблема заключалась в том, что Build вызывал горячей кнопкой F7, что было настроено на /build/Debug.