1) Оценить вообще все, любые, внешние контакты платы - любые провода, разъёмы и даже крепёжные стойки, если они проводящие и касаются других проводящих элементов на предмет возможных путей помехи - что если помеха пойдёт по этому проводнику (равно как и уйдёт в этот проводник)? И пресечь пути помехи через ответственный узел. Например, изменив топологию его цепей, чтобы проводники узла не попадали в путь помехи и обеспечивая помехе низкоимпедансный путь мимо ответственного узла.
2) Понимать, что наводки на проводниках схемы всё равно будут. Поэтому защитить схему от ложных срабатываний а) Выбрав триггер с меньшей скоростью срабатывания или вообще, стойкий к импульсным помехам (в современных ИМС, часто встраивают фильтры ЭМП на входах); б) Поставив RC или бусину+конденсатор на каждый проводник чувствительной микросхемы, кроме земли, включая сигналы и питание.
После реализации этих мер, проблема с ЭМС уйдёт. В крайнем случае, может оказаться так, что применённый триггер просто принимает помеху своим кристаллом даже при идеальной обвязке. Тогда снижать напряжённость поля помехи экраном.