Если я верно понял, задача стояла прошивать из командной строки. А
для STM это искаропки есть? И эта... чота впервые слышу, что AT32
косячнее чем GD32/APM32 и прочие "нонеймы". Да, кстати, добавить поддержку AT32 в JFlash - как два пальца об асфальт.