Вот так определяю раздел myvars с переменной __varsstart: (ссылка на гитхаб)
Туда и пишу структуру с данными, которую нужно сохранить. А в одной штуке мне нужно было кроме настроек сохранять логи, там я выделил 2 раздела, под настройки - одна страница, остальное свободное место - под логи.
А потом просто в коде пишу :
const user_conf *Flash_Data = (const user_conf *)(&__varsstart);