Во-первых, проверьте сам двигатель. Если подать напряжение непосредственно на выводы двигателя он вращается? Во-вторых, проверьте сначала ваш драйвер в статике на одно направление. Для этого необходимо запитать верхний драйвер от изолированного DC/DC с выходным напряжением примерно 15В и подать в соответствии с вашим алгоритмом на входы HIN/LIN постоянные уровни. Двигатель крутится? Если да, то не убирая внешнего питания с врехнего ключа драйвера подавайте ШИМ на эти же входы HIN/LIN. Двигатель работает на оборотах пропорциональных скважности ШИМ? Если да, то значит ваша схема и логика работоспособна, но проблема заряда bootstrap-конденсаторов и соответственно питания верхних драйверов в такой концепции не решается. Поэтому остается тот вариант, что я предлагал с самого начала - запитать оба верхних драйвера от отдельных гальванически изолированных DC/DC с выходным напряжением 15В.