Выявлена трабла: когда открывается первый COM то ADBUS4 переводится в OUT_0, что соответсвует режиму MPSSE при программировании через AvReal. Лечится:
1. Юзать только второй компорт от FTDI
2. Ставить переключатель для непосредтсвенного выбора работы логики.