А как вообще EEPROM оказалось прошитая? Через FTDI или прошитую уже в устройство паяли? Если паяли прошитую то есть смысл перед экспериметнами прочитать и в файл сохранить. Если перепрошить не получится изза защиты, то выпаиваете, впаиваете чистую и прошиваете чистую сохраненным файлом. Далее экспериментируйте на здоровье.