Микроконтроллеры

Тогда пиши свой программатор. Или попробуй по ссылке. http://mspfet.hellos.biz/
Сначала читаешь память своего процессора, затем своей программой склеиваешь содержимое старой памяти и новой программы и зашиваешь результат. Для простоты можно использовать .bin - файлы, в ИАРе это формат MPDS. Поскольку указанный программатор поддерживает работу с командной строки, то это все можно загнать в один .bat-файл.