Я так понял, что контур платы задаётся через меню Design -> Borad Shape. То есть черный прямоугольник на экране это и есть контур платы. В нём можно вырезать отверстия и т.п. Я только не понял как вырезать в нём окружности. И самое главное - зачем нужн слои Mechanical?