Терминал в Win CE идет как приложение и не должен интегрироваться в ядро статически. Значит если плата куплена с разрешением на терминал (это проблема продавца), то удаленный терминал можно поставить без всяких проблем и дополнительных выплат.
Фишки в терминал какие угодно, но нужен будет SDK на плату.
На некоторые устройства на базе Win CE типа смартфонов с Windows Mobile SDK есть сразу в Visual Studio. Правда не знаю удастся ли там запустить remote desktop protocol, поскольку они наверно не имеют лицензии на терминал.
А насчет лицензий на подключение к терминальному серверу, так это при покупке сервера платят за количество подключений.