К плате должен идти комплект с примерами на NIOS, для начала можно их поковырять. Потом попробуй написать свой модуль, ну а дальше можно будет выкинуть и ядро NIOS. http://www.nioswiki.com/
Если что по ссылке можно много любопытногого почитать, вот к примеру:
Avalon State Sequencer
или
Avalon MicroSequencer