Не великий я спец в достоверной передаче данных, но попробовал (modbus CRC16 + готовый бинарный файл к CRC в двух последних байтах) затереть хвост файла (пара десятков байтов из 362) как FF-ами, так и нулями. И появляется разница. Что-то в консерватории?