По поводу "всё накрывается" - наладка проекта ПЛИС всё же нужна. Хоть SignalTap-ом, хоть осциллографом, но проблему в схеме обычно можно найти. В Квартусе приличные мегафункции FIFO, можно использовать их. Лучше время на свой код потратить, если на то пошло.