Вроде бы у Атмелевских АРМов входная частота SPI в slave режиме не зависит от тактовой частоты. Подробнее не скажу - в slave режиме не работал. А так да, по трезвому размышлению сделать ПП мастером - идеологически более правильно.
Вместо объединителя лучше бы сделать нормальный DMA контроллер. Особенно при наличии SDRAM на FPGA.