Защита высокоомных входов АЦП - это по ссылке. http://eewiki.ru/wiki/%D0%9F%D0%BE%D0%BC%D0%B5%D1%85%D0%BE%D1%83%D1%81%D1%82%D0%BE%D0%B9%D1%87%D0%B8%D0%B2%D1%8B%D0%B5_%D1%83%D1%81%D1%82%D1%80%D0%BE%D0%B9%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B0
Для того, чтобы АЦП работал в пределах всей своей рабочей шкалы, потенциал его земли не должен быть произвольным, какой Бог пошлет, а должен в точности соотвествовать среднеариметическом потенциалу между обоими входами, за вычетом половины напряжения полной шкалы. Только тогда входные импульсы обеих полярностей с амплитудой 1/2 шкалы будут заведомо неотрицательными относительно земли АЦП и правильно им оцифровываться.
Для дифференциального АЦП это правило не действует. В этом основное преимущество дифференциального подключения.
Для дифференциального подключения достаточно, чтобы каждый вход попал в допустимый диапазон для входных сигналов, разность потенциалов между входами не превышала по модулю паспортную величину. Ну и наконец, следить, чтобы потенциалы входов не превышали допустимый диапазон для синфазных сигналов. Для вас последний пункт неактуален - синфазное напряжение нужно от чего-либо отсчитывать, а при двухпроводном подключении это невозможно - вы всегда в диапазоне.