данные во внутренней флеши удобны хотя бы тем, что не нужно дополнительное время на их чтение. Внешняя EEPROM фактически будет требовать держать всё что часто нужно в ОЗУ. Кроме того, это дополнительное место на плате (критично для девайсов мелких размеров). О возможности сэкономить 10 центов на ровном месте говорить не будем